Impact on the clinical evolution of patients with COVID-19 from an Intensive Care Unit with isolation of Candida spp. in respiratory samples / Impacto na evolução clínica de pacientes com COVID-19 de uma Unidade de Terapia Intensiva com isolamento de Candida spp. em amostras respiratórias / Impacto en la evolución clínica de pacientes con COVID-19 de una Unidad de Cuidados Intensivos con aislamiento de Candida spp. en muestras respiratorias

Background and Objectives: several patients with COVID-19 require hospital admission due to severe respiratory complications and undergo intensive care with mechanical ventilation (MV) support. Associated with this situation, there is an increase in fungal co-infections, which has a negative impact on the outcome of COVID-19. In this regard, this study intended to compare Candida spp. incidence in the respiratory tract of patients admitted in the COVID and General Intensive Care Units (ICU) at a teaching hospital in 2021. Methods: the results of protected tracheal aspirate samples from 556 patients admitted to the COVID ICU and 260 to General ICU as well as the respective records. Results: of the patients analyzed, 38 revealed a positive sample for Candida in the COVID ICU and 10 in the General ICU, with an incidence of 68.3/1000 and 38.5/1000, respectively. Males were predominant in both wards. The most affected age group was the population over 60 years old, and the average hospital admission for the COVID ICU was 22.1 years, and for the General ICU, 24.2. Conclusion: Candida albicans was the most frequently isolated species, and the mortality rate in patients positive for Candida was higher in patients with COVID-19 compared to patients in the General ICU, suggesting that patients infected with SARS-CoV-2, admitted to the ICU under MV, are more predisposed to colonization by Candida spp., which can have a fatal outcome in these patients.(AU)

Justificativa e objetivos: muitos pacientes com COVID-19 necessitam de hospitalização devido às complicações respiratórias graves, e são submetidos a cuidados intensivos com suporte de ventilação mecânica (VM). Associado a esse quadro, verifica-se o aumento de coinfecções fúngicas, que tem impacto negativo no desfecho da COVID-19. Nesse sentido, este estudo pretendeu comparar a incidência de Candida spp. no trato respiratório de pacientes internados nas Unidades de Terapia Intensiva (UTI) COVID e Geral em um hospital escola em 2021. Métodos: foram avaliados os resultados de amostras de aspirado traqueal protegido provenientes de 556 pacientes internados na UTI COVID e 260 na UTI Geral, bem como os respectivos prontuários. Resultados: dos pacientes analisados, 38 revelaram amostra positiva para Candida na UTI COVID e 10 na UTI Geral, com incidência de 68,3/1000 e 38,5/1000, respectivamente. O sexo masculino foi predominante em ambas as alas. A faixa etária mais acometida foi a população acima de 60 anos, e a média de internação para a UTI COVID foi de 22,1 anos, e para a UTI Geral, 24,2. Conclusão: Candida albicans foi a espécie isolada com maior frequência, e a taxa de mortalidade em pacientes com positivos para Candida foi maior em pacientes com COVID-19 em relação aos pacientes da UTI Geral, sugerindo que pacientes infectados com SARS-CoV-2, internados em UTI sob VM, são mais predispostos à colonização por Candida spp., que pode ter um desfecho fatal nesses pacientes.(AU)

Justificación y objetivos: muchos pacientes con COVID-19 requieren hospitalización debido a complicaciones respiratorias graves y se someten a cuidados intensivos con soporte de ventilación mecánica (VM). Asociado a esta situación, hay un aumento de las coinfecciones fúngicas, lo que repercute negativamente en el desenlace de la COVID-19. En este sentido, este estudio pretendió comparar la incidencia de Candida spp. en el tracto respiratorio de pacientes ingresados en las Unidades de Cuidados Intensivos (UCI) COVID y General de un hospital escuela en 2021. Métodos: los resultados de muestras de aspirado traqueal protegidas de 556 pacientes ingresados en la UCI COVID y 260 en el UCI General, así como los respectivos registros. Resultados: de los pacientes analizados, 38 presentaron muestra positiva a Candida en UCI COVID y 10 en UCI General, con una incidencia de 68,3/1000 y 38,5/1000, respectivamente. Los machos predominaban en ambas alas. El grupo de edad más afectado fue la población mayor de 60 años, y la hospitalización promedio en la UCI COVID fue de 22,1 años, y en la UCI General, de 24,2. Conclusiones: Candida albicans fue la especie aislada con mayor frecuencia, y la tasa de mortalidad en pacientes positivos para Candida fue mayor en pacientes con COVID-19 en comparación con los pacientes en la UCI General, lo que sugiere que los pacientes infectados con SARS-CoV-2, ingresados en la UCI bajo VM, están más predispuestos a la colonización por Candida spp., lo que puede tener un desenlace fatal en estos pacientes.(AU)

Efeito do extrato da própolis e do digluconato de clorexidina sobre a formação de biofilme por Candida albicans em resina acrílica / Effect of propolis extract and chlorhexidine digluconate on the biofilm formation by Candida albicans in acrylic resin

Objetivo: avaliar in vitro a ação antimicrobiana do extrato da própolis (EP) e do digluconato de clorexidina (DCHX) na formação de biofilme por Candida albicans em resina acrílica termopolimerizada. Métodos: o efeito do EP e DCHX em biofilmes de C. albicans foi avaliado pela quantificação de Unidades Formadoras de Colônias (UFCs), pela quantificação da biomassa por cristal violeta e de polissacarídeos por safranina. Para tanto, C. albicans foram pré-aderidas em corpos de prova e somente em microplacas de poliestireno, posteriormente foi realizado o tratamento com diferentes concentrações de EP (221 µg/mL e 443 µg/mL) e DCHX (0,25% e 0,5%). Resultados: foi demonstrada uma redução significativa na formação de biofilme por C. albicans com ambas as substâncias testadas e em todas as concentrações. Conclusão: de acordo com os resultados, observou-se que ambos os tratamentos foram eficazes na redução do biofilme e que o EP, por ser um produto natural, de baixo custo e sem afeitos colaterais, representa uma alternativa inovadora para o tratamento da candidose oral em usuários de próteses removíveis.(AU)

Objective: to evaluate in vitro the antimicrobial action of propolis extract (EP) and chlorhexidine digluconate (DCHX) in the biofilm formation by Candida albicans in thermopolymerized acrylic resin. Methods: the effect of EP and DCHX on C. albicans biofilms were evaluated through the quantification of Colony Forming Units (CFU's), the quantification of biomass by violet crystal and polysaccharides by safranin. For this purpose, C. albicans were pre-adhered to specimens and only on polystyrene microplates and subsequently the treatment was performed with different concentrations of EP (221 µg/mL and 443 µg/mL) and DCHX (0.25% and 0,5%). Results: a significant reduction in the biofilm formation by C. albicans was demonstrated, with both substances tested and in all concentrations. Conclusion: according to the results, it was observed that both treatments were effective in reducing biofilm and EP, being a natural product, low cost and without side effects, represents an innovative alternative for the treatment of oral candidiasis in users removable dentures.(AU)

Lack of effect of cell-wall targeted antibacterials on biofilm formation and antifungal susceptibility of Candida species

The use of central venous catheters (CVC) and broad-spectrum antibacterials are among the main risk factors for the development of candidemia in patients admitted to intensive care units (ICU). It is known that some antibacterials increase the resistance of these yeasts to azole antifungals. Thus, the aim of this research was to determine whether yeast present in CVC colonizations previously exposed to cell-wall targeted antibacterials benefit from a reduction in susceptibility to fluconazole and voriconazole, facilitating their ability to form biofilms. Candida albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis and C. guilhermondii were seeded into antibacterial (cefepime, meropenem, vancomycin, and piperacillin-tazobactam) gradient plates produced in Mueller-Hinton Agar. The susceptibility to fluconazole and voriconazole and the biofilm formation of the yeasts were tested before and after exposure to the antibacterials. None of the antibacterials exerted a significant effect on the in vitro susceptibility of the yeasts to the antifungal agents or on their ability to form biofilms. These results suggest that increased candidemia in ICU patients is not attributable to possible alterations in the yeasts, but is more likely caused by a weakening of the patient's general condition after long exposure to infection.

O uso de cateter venoso central (CVC) e antibióticos de amplo espectro estão entre os principais fatores de risco para o desenvolvimento da candidemia em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI). É conhecido que alguns antibióticos aumentam a resistência das leveduras aos antifúngicos azólicos. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar se leveduras presentes em colonização de CVC expostas a antibióticos que atuam em parede celular se beneficiam de uma redução na suscetibilidade ao fluconazol e voriconazol e se obtêm maior capacidade de formar biofilme. Candida albicans, C. tropicalis, C. glabrata,C. parapsilosis e C. guilhermondii foram semeadas em placas de Mueller-Hinton Agar, com gradientes de antibióticos (cefepima, meropenem, vancomicina e piperacilina-tazobactam). A suscetibilidade e a formação de biofilme das leveduras foram testadas antes e após a exposição aos antibióticos. Nenhum dos antibióticos provocou alterações detectáveis in vitro sobre a suscetibilidade das leveduras aos antifúngicos ou à capacidade de formar biofilme. Estes resultados sugerem que o aumento da candidemia na UTI não seria atribuído a possíveis alterações provocadas nas leveduras e sim pelo enfraquecimento da condição geral do paciente após longa exposição à infecção.

MOLECULAR TYPING OF Candida albicans ISOLATES FROM HOSPITALIZED PATIENTS / Tipagem molecular de Candida albicans isoladas de pacientes hospitalizados

SUMMARY Introduction: The majority of nosocomial fungal infections are caused by Candida spp. where C. albicans is the species most commonly identified. Molecular methods are important tools for assessing the origin of the yeasts isolated in hospitals. Methods: This is a study on the genetic profifiles of 39 nosocomial clinical isolates of C. albicans using two typing methods: random amplifified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellite, two different primers for each technique were used. Results: RAPD provided 10 and 11 different profiles with values for SAB of 0.84 ± 0.126 and 0.88 ± 0.08 for primers M2 and P4, respectively. Microsatellite using two markers, CDC3 and HIS3, allowed the observation of six and seven different alleles, respectively, with combined discriminatory power of 0.91. Conclusions: Although genetic variability is clear, it was possible to identify high similarity, suggesting a common origin for at least a part of isolates. It is important to emphasize that common origin was proven from yeasts isolated from colonization (urine, catheter or endotracheal secretions) and blood culture from the same patient, indicating that the candidemia must have started from a site of colonization. The combination of RAPD and microsatellite provides a quick and efficient analysis for investigation of similarity among nosocomial isolates of C. albicans. .

RESUMO Introdução: A maioria das infecções fúngicas hospitalares são causadas por Candida spp. e C. albicans é a espécie mais comumente identificada. Métodos moleculares são ferramentas importantes para a avaliação da origem das leveduras isoladas em hospitais. Métodos: Este é um estudo sobre o perfil genético de 39 isolados clínicos nosocomiais de C. albicans através das técnicas de RAPD e microssatélite, foram usados dois diferentes iniciadores para cada técnica. Resultados: RAPD forneceu 10 e 11 diferentes perfis com valores de SAB 0,84 ± 0,126 e 0,88 ± 0,08 para os primers M2 e P4, respectivamente. A análise de microssatélites, usando os marcadores CDC3 e HIS3 permitiu a observação de seis e sete diferentes alelos respectivamente, com poder discriminatório combinado de 0,91. Conclusões: Embora seja clara a variabilidade genética, foi possível identificar alta similaridade, sugerindo origem comum para pelo menos parte deles. É importante enfatizar que foi comprovada origem comum de leveduras isoladas de colonização (urina, cateter ou secreção orotraqueal) e hemocultura do mesmo paciente, indicando que a candidemia deve ter iniciado a partir de um sítio de colonização. A combinação das técnicas RAPD e microssatélites fornece uma análise rápida e eficiente para investigação de similaridade entre isolados nosocomiais de C. albicans. .

Suscetibilidade a antifúngicos in vitro de Candida spp. em pacientes do Hospital Universitário Regional de Maringá-PR / Antifungal susceptibility of Candida spp. in vitro among patients from Regional University Hospital of Maringá-PR

INTRODUÇÃO: No ambiente hospitalar, são frequentes as infecções por leveduras do gênero Candida spp., o que torna esse assunto um importante alvo de estudos. OBJETIVO: Avaliar o perfil de suscetibilidade aos antifúngicos de espécies de Candida de pacientes internados no Hospital Universitário Regional de Maringá-PR (HURM). MATERIAL E MÉTODOS: As amostras foram submetidas ao teste de microdiluição em caldo (MD), segundo o documento M27-A3 para determinação da concentração inibitória mínima (CIM), e ao teste de difusão em disco de acordo com o documento M44-A2, ambos do Clinical Laboratory Standarts Institute (CLSI). RESULTADOS E DISCUSSÃO: Foram obtidos 91 isolados provenientes de amostras de urina, hemocultura, ponta de cateter, secreção orotraqueal, entre outros, sendo 38 Candida albicans, 23 C. tropicalis, 16 C. gabrata, 10 C. parapsilosis e quatro C. krusei. Dos antifúngicos testados, anfotericina B, voriconazol e anidulafungina foram os mais eficazes. CONCLUSÃO: A comparação entre as metodologias de microdiluição em caldo e disco difusão (DD) mostrou boa correlação para fluconazol para a maioria das espécies de Candida spp., sendo possível destacar que a DD é útil para triagem dos principais antifúngicos usados na prática clínica. No entanto, casos de resistência detectados por DD devem ser confirmados por meio do método de MD, evitando, assim, resultados falsos resistentes, melhorando a eficácia e a segurança do tratamento.

INTRODUCTION: Due to the ubiquity of nosocomial yeast infections of the genus Candida spp., studies in this area have become increasingly relevant. OBJECTIVE: To evaluate the antifungal Candida spp. susceptibility profile of hospitalized patients from the Regional University Hospital of Maringá-PR (HURM). MATERIAL AND METHODS: The samples were submitted to broth microdilution test (MD) according to protocol M27-A3 in order to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) and disk diffusion test according to protocol M44-A2, both from Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). RESULTS AND DISCUSSION: We obtained 91 isolates from urine samples, blood culture, catheter tip, endotracheal secretions, among others, from which 38 were Candida albicans, 23 were C. tropicalis, 16 were C. gabrata, 10 were C. parapsilosis, and four were C. krusei. Among the tested antifungal medications, amphotericin B, voriconazole and anidulafungin proved to be the most effective. CONCLUSION: In the comparison between broth microdilution and disk diffusion (DD) methods, fluconazole showed good correlation for most Candida spp., which corroborates the usefulness of DD in the screening of main antifungal agents used in clinical practice. Nonetheless, cases of resistance detected by DD need to be confirmed by MD method, which avoids false-resistant results and maximizes the treatment efficacy and reliability.

Isolation of cryptococcus spp. in excrements of pigeons (columba sp.) in the Maringá city, Pr, Brazil / Isolamento de cryptococcus spp. em excretas de pombos (columba sp.) na cidade de Maringá, Pr, Brasil

The Cryptococcus genus is composed by 37 different species, however, the C. gattii and C. neoformans are the two most concerning species once they cause deep mycosis in humans. In this way, the present study had as aim to perform an analysis in droppings of pigeon (Columba sp.) from the city of Maringá, PR, in order to verify the presence of suggestive yeast forms of Cryptococcus spp. For this study 70 samples of pigeon excrements were evaluated which were collected in 7 different sites. These samples were submitted to the tests of thermotolerance at 37°C, urease, phenoloxidase activity and direct exam with China ink preparation. The results show that the pigeon droppings of 5,7% of the studied samples presented suggestive yeast forms of Cryptococcus spp. These results are relevant due to the positive samples are from the sites with a higher possibility of immunocompromised individuals flow, who are more up to have the most severe kinds of the disease caused by this fungi.

O gênero Cryptococcus é composto de 37 espécies diferentes, contudo o C. gattii e C. neoformans são as mais preocupantes por causarem micose profunda em humanos. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo realizar uma análise em excretas de pombos (Columba sp.) procedentes da cidade de Maringá, PR, para verificar a presença de leveduras sugestivas de Cryptococcus spp. Para este estudo foram analisadas 70 amostras de excretas de pombos, coletadas em sete localidades diferentes. Essas amostras foram submetidas ao teste de termotolerância à 37°C, urease, atividade fenoloxidase e exame direto com tinta da china. Os resultados demonstraram que nos excrementos de pombos de 5,7% das localidades estudadas apresentaram leveduras sugestivas de Cryptococcus spp. Estes resultados mostraram-se relevantes, devido ao fato de as amostras positivas pertencerem aos locais de maior possibilidade de circulação de indivíduos imunocomprometidos, os quais estão mais propícios a contrair as formas mais graves da doença causada por este fungo.

Genetic diversity and antifungal susceptibility testing of Trichosporon asahii isolated of Intensive Care Units patients / Diversidade genética e suscetibilidade a antifúngicos de Trichosporon asahii isolado de pacientes de Unidades de Terapia Intensiva

Trichosporon asahii is an opportunistic pathogen, associated with a high mortality rate in immunocompromised patients. In this study, ten isolates, recovered from oral cavity and urine of patients in Intensive Care Units (ICU) over six months, were identified by classical and molecular methods, typed by RAPD and tested in vitro for susceptibility to fluconazole, itraconazole, 5-flucytosine and amphotericin B. A total agreement between the identification of Trichosporon sp by PCR based on sequences of the Internal Transcribed Spacer Regions (ITS) and on the sequences of small-subunit (SSU) ribosomal DNA (rDNA) was found. Randomly amplified of polymorphic DNA (RAPD), with primers P6 and M13, was used to determine the genomic profiles. The dendogram analysis indicated that almost all strains showed similarity >0.9 among them and all strains were multidrug-resistant. This study brings new results on the identification and genotyping of T. asahii isolated from Brazilian ICU patients and information about their antifungal drugs susceptibility.

Trichosporon asahii é um patógeno oportunista que apresenta altos índices de mortalidade em pacientes imunocomprometidos. No presente trabalho, dez cepas foram isoladas da cavidade bucal e urina de pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva (UTI) por seis meses. Todos os isolados foram identificados por métodos clássicos e moleculares, tipados por RAPD e testados in vitro quanto à sensibilidade ao fluconazol, itraconazol, 5-fluorocitosina e anfotericina B. Houve concordância total entre a identificação de Trichosporon sp por PCR baseado na seqüência da região ITS (Internal Transcribed Spacer) e na seqüência da subunidade menor do DNA ribossômico (rDNA). Os perfis genéticos foram determinados por RAPD utilizando dois iniciadores P6 e M13. A análise do dendrograma mostrou que a maioria das amostras apresentou alta similaridade entre elas (>0.9) e todas foram multidrogas resistentes. Este estudo traz novos resultados em relação à identificação e genotipagem de isolados brasileiros de T. asahii em pacientes internados em UTI, bem como dados sobre o perfil de sensibilidade aos antifúngicos.

Genotyping, serotyping and determination of mating-type of Cryptococcus neoformans clinical isolates from São Paulo State, Brazil

The basidiomycetous yeast Cryptococcus neoformans is an important fungal pathogen mainly in immunocompromised patients. In this study, 47 clinical isolates of C. neoformans from regions of São Paulo State were studied serologically by using the Crypto Check Iatron RM 304-K kit, their genetic diversity was estimated by PCR-fingerprinting with a microsatellite-specific sequence (GACA)4, RAPD with primer 6 (Amersham Pharmacia Biotech), PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of the phospholipase B gene (PLB1) digested with AvaI and mating type analysis by PCR. All 47 strains isolated from HIV positive patients included in this study were serotype A and MATalpha. The majority of the isolates (45/47) were VNI and only two were VNII by PCR-fingerprinting and PCR-RFLP analysis. High degree of homogeneity was observed when (GACA)4 was used, being highly correlated (> 0.9). In contrast, the RAPD analysis was more heterogeneous with higher number of molecular profiles. By PCR-RFLP, no new molecular type was found, enhancing the suggestion that the differences based on conserved gene as PLB1, can be resultant of ongoing divergent evolution within the C. neoformans complex, into the current eight subtypes. Our results furnish new information on the molecular epidemiology of C. neoformans in the southeast region of Brazil.

Cryptococcus neoformans, pertencente à classe dos basidiomicetos, é um importante patógeno, principalmente em pacientes imunocomprometidos. Neste estudo, 47 isolados clínicos de C. neoformans de várias regiões do Estado de São Paulo foram avaliados quanto aos sorotipos e ao mating-type por PCR. A diversidade genética foi analisada por PCR-fingerprinting com a seqüência iniciadora específica para regiões microssatélite (GACA)4, RAPD com o iniciador 6 (Amersham Pharmacia Biotech) e por RFLP do gene PLB1 digerido com AvaI. Todos os isolados foram obtidos de pacientes HIV positivos e identificados como sorotipo A e MATalfa. A maioria dos isolados pertencia ao tipo molecular VNI (45/47) e apenas dois foram VNII quando analisados por PCR-fingerprinting e PCR-RFLP. Homogeneidade alta foi obtida com o iniciador (GACA)4, com a maioria dos isolados apresentando correlação alta (> 0.9). Os resultados do RAPD, por sua vez, revelaram maior heterogeneidade com número maior de perfis moleculares. Por PCR-RFLP, nenhum tipo molecular novo foi encontrado, realçando a idéia de que em genes conservados como PLB1, as diferenças podem ser resultantes de divergências evolutivas dentro do complexo C. neoformans, separando os isolados nos oito subtipos moleculares já estabelecidos. Nossos resultados fornecem novas informações sobre a epidemiologia molecular de C. neoformans na região sudeste do Brasil.

Strain differentiation of Trichophyton rubrum by random amplification of polymorphic DNA (RAPD)

Trichophyton rubrum é um importante agente causal de dermatomicose. Os métodos de tipagem molecular têm sido recentemente desenvolvidos para responder questões sobre epidemiologia e auxiliar no esclarecimento de recidivas, após o tratamento. As seqüências aleatórias 1- (5'-d[GGTGCGGGAA]-3') e 6- (5'-d[CCCGTCAGCA]-3') foram usadas para tipagem molecular deste fungo por RAPD produzindo variabilidade intraespecífica. Cinco padrões foram observados entre os 10 isolados de T. rubrum, com ambas as seqüências. Foi concluído que a análise por RAPD pode ser utilizada para estudos epidemiológicos.